Su quali furono le genti che fondarono Molfetta, le opinioni degli storici sono ancora contrastanti.
I molti ritrovamenti di vasi, monete e monili del periodo romano ed etrusco ci fanno pensare che la sua origine sia antichissima.

Il primo nucleo urbano sorse nell'isolotto di Sant'Andrea, attuale Centro Storico.

La sua posizione e una sicura predisposizione della sua gente ad affrontare il mare, la portarono a commerciare con Venezia, Alessandria d'Egitto, Costantinopoli e con paesi della Siria.
Firmo' trattati di amicizia con Amalfi, Ortona e Ragusa.
Dapprima chiamata Respa, poi Melfi, quindi Melphicte, indi Melphictum ed infine Molfetta.
Più' volte assalita dai legni pirati saraceni, non cadde mai nelle loro mani.
Divenne dominio dei Longobardi.
Nel periodo normanno, ruggero d'Altavilla fece costruire un Ospizio per i pellegrini che si recavano in Terra Santa.

Guglielmo I, re di Napoli, nella stessa zona, sulla cappella dedicata a Maria SS della Pietà', fece costruire una chiesa in onore della Madonna dei Martiri.
Con la morte dell'imperatrice Costanza, moglie di Federico Barbarossa, Molfetta passo' sotto il dominio degli Svevi.
Divenne così' signoria di Giovanna regina di Napoli (1343) e da questa a Roberto d'Angiò'.

In seguito fu possedimento di Carlo di Durazzo (1381) che la concesse ai Del Balzo. Nel 1399 Re Ladislao con proprio editto accordo' il privilegio di far svolgere una fiera durante i festeggiamenti della Madonna dei Martiri, assunta a protettrice della città'.
A Ladislao successe Giovanna II che elevo' Molfetta a Città' Regia.
Estintasi la casa d'Aragona, la città' passo' sotto Giovanna I (1507), vedova di Ferdinando d'Aragona.
Nel 1522 con la vendita della città' da parte di Carlo V a don Fernante di Capua, duca di Termoli, da Città' Regia passo' a città' feudale.

Nel 1528 scoppio' la guerra fra la Spagna e la Francia.
Nel'occasione si riaccesero le lotte fra nobili e popolani che porto' al sacco della Città' da parte dei francesi (1529).
Morto il duca di Termoli, il feudo andò' a Isabella di Capua, moglie di Ferdinando Gonzaga, duca di Guastalla.
Nel 1640 la città' fu data ai Doria e da questi a Luca Spinola (1643).
Segui' un periodo di relativa tranquillità' interna funestata da epidemie di peste (1657).

Con l'arrivo dei Francesi nel 1799 si riaccesero le lotte interne fra fautori della repubblica e sostenitori della monarchia.
Sconfitti i francesi, fu restaurata la monarchia con Ferdinando IV che, per ragioni politiche, dovette cedere alla Francia alcune città' marittime delle Puglie, fra cui Molfetta.

Nel 1808, il Reame di Napoli passo' a Gioacchino Murat, cognato di Napoleone Bonaparte.

Il Congresso di Vienna (1815) riporto' la città' sotto la dinastia Borbonica e nel 1860 il plebiscito porto' l'annessione del Regno delle due Sicilie all'Italia.
Dopo l'unificazione Molfetta divenne uno dei paesi più' industrializzati del meridione grazie all'intraprendenza di numerosi operatori.